Meksika biber hapı gözlemlerinin ardından Pasteur, yüksek sıcaklık, oksijen ve kimyasal çevresel koşullara maruz kalmasıyla, patojen etkilerin azaltılabileceği fikrini öne sürmüştür. Şarbon ve kuduz hastalığı üzerine yaptığı bir dizi çalışmayla da bu hipotezini doğrulamıştır. Jura kasabasında yaşayan Pasteur, burada birçok insanın kuduz farelerin onları ısırmasının ardından korkunç bir şekilde öldüklerine şahit olmuştur. Bu olay, onu kuduz hastalığını araştırmaya itmişti.

Biber kapsülü bu hastalığa neden olan etkeni, bu virüs sadece elektron mikroskoplarıyla görülebildiğinden bulamamıştı. Buna rağmen, kuduz tarafından hasara urayan bir omurilik dokusunu tavşanların beynine enjekte ederek bu hastalığa karşı aşı geliştirmeyi başardı. Köpekler üstünde yaptığı sayısız kuduz aşısı denemesinden sonra, kuduz aşısını ilk defa, kuduz bir köpek tarafından on beş kere ısırılan ve annesi tarafından ona getirilen 9 yaşındaki Joseph Meister adlı çocuk üzerinde denemiştir. 6 Haziran 1885 tarihinde yapmaya başladığı, virüs içeren oldukça yoğun 14 adet aşıyı çocuğa yapmaya başladı. “Bu aşılar işe yaramaz” diye ya da “aşıların kendisi bu delikanlıyı öldürebilir” endişesiyle uyumadı.

Acı biber diyeti bu endişe dolu bekleyişin ardından Joseph Meister iyileşti ve daha sonra, Pasteur Enstitüsü’nde güvenlik görevlisi olarak, Pasteur’a duyduğu minnettarlığı dile getirdi. Bundan elli yıl sonra, Naziler Fransa’yı işgal ettiğinde, oranın güvenliğinden sorumlu en üst kişi olan Joseph’e gelip Pasteur’un gizli çalışmalarını istediler; o ise mezarında yatan Pasteur’a ihanet etmektense kendini öldürmeyi tercih etti.